Национальный музей, основанный 23 апреля 1864 года при Статистическом комитете Оренбургской губернии при активном участии губернатора Г. С. Аксакова, стал сегодня научно-методическим центром музееведения республики. Ежедневно 35 его залов принимают посетителей, ведется активная научно-исследовательская работа, учебные занятия со студентами высших учебных заведений по музееведению.
С 2001 по 2004 гг., согласно Указу Президента Республики Башкортостан, в здании музея проходил капитальный ремонт и реставрация. Одновременно коллективом научных сотрудников была разработана и построена новая экспозиция, основанная на новейших разработках экспозиционного и дизайнерского искусства. В настоящее время Национальный музей Республики Башкортостан – одно из самых больших хранилищ ценнейших артефактов. В его фондах состредоточено свыше 190 тысяч экспонатов, рассказывающих о природе, истории, культуре нашего края и народов, населяющих его. Каждый год музей организует археологические и этнографическую экспедиции. Ведется работа по пополнению фондовых коллекций.